Πρόεδρος ανέλαβε ο γιατρός Α.Μάλτος, γραμματέας ο Ι.Αντωνιάδης και μέλη οι Π.Κοντογιάννης, Αιμ.Κόπανος, Δ.Χατζόπουλος, Δ.Κοντορέπας και Ι.Κύρου. Οι άνθρωποι του συλλόγου, μετά την πρώτη αυτή γενική συνέλευση, ενημέρωσαν τις τουρκικές αρχές και, όπως αναφέρουν μερικά χρόνια αργότερα το 1914 σε επιστολή τους στο πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης, η τουρκική αστυνομία επέτρεψε τη λειτουργία του συλλόγου με μια απλή άδεια.
Ο νέος σύλλογος ιδρύθηκε σε μια ταραγμένη εποχή για την Θεσσαλονίκη και την ευρύτερη περιοχή της Μακεδονίας. Η οθωμανική αυτοκρατορία ζούσε τα τελευταία χρόνια της παρουσίας της στην Ευρώπη. Οι εθνικοί ανταγωνισμοί στα Βαλκάνια βρίσκονταν σε έξαρση και μόλις είχε τελειώσει η ένοπλη φάση του Μακεδονικού Αγώνα. Ο ελληνισμός της περιοχής, που είχε αντισταθεί με επιτυχία στις πολεμικές προσπάθειες για επικράτηση άλλων εθνοτήτων στην περιοχή, ήταν αποφασισμένος να επιβληθεί και με ειρηνικά μέσα.
Η ίδρυση ενός ελληνικού αθλητικού σωματείου ήταν ενταγμένη σε αυτήν την προσπάθεια. Ο Μακεδονικός Γυμναστικός Σύλλογος δεν ήταν απλά ένα αθλητικό σωματείο, ήταν το αθλητικό σωματείο των Ελλήνων που δεν θα άφηναν κανέναν τομέα κοινωνικής δραστηριότητας που να μη δηλώσουν παρών. Στο καταστατικό του νέου συλλόγου αναφέρεται ότι ο σκοπός ίδρυσης του είναι « Η εις άπασας τας κοινωνικάς τάξεις διάδοσις της Γυμναστικής και η Παρασκευή αθλητών». Η νέα ιδεολογία του αθλητισμού, που είχε επανεμφανιστεί τον προηγούμενο αιώνα και είχε διαδοθεί ταχύτατα σε όλη την Ευρώπη, αφυπνίζοντας τα διδάγματα των αρχαίων Ελλήνων για την άθληση και τη σωματική υγεία, έβρισκε πρόσφορο έδαφος στους Έλληνες της Θεσσαλονίκης.
Ο σύλλογος σύμφωνα με το καταστατικό του θα επιδίωκε να ιδρύσει δικό του γυμναστήριο και να το εξοπλίσει με τα κατάλληλα όργανα. Η δράση του δεν θα περιοριζόταν μόνο στους αθλητές και στα μέλη του, αλλά θα μεριμνούσε και για την εκγύμναση των Ελλήνων της πόληες με πορείες, εκδρομές, διοργάνωση κολυμβητικών εκδηλώσεων, λεμβοδρομιών και εκδρομών για κυνήγι.
Οι άνθρωποι του νέου συλλόγου επιθυμούσαν να διαποτίσουν με την ιδεολογία της γυμναστικής και της υγιεινής ζωής τους ομοεθνείς τους. Στο καταστατικό επίσης προβλεπόταν η βοήθεια για ίδρυση αντίστοιχων ελληνικών συλλόγων σε ολόκληρη τη Μακεδονία και τελικά η διοργάνωση Παμμακεδονικών αγώνων για τη διάδοση του αθλητισμού.
Ιδιαίτερη μέριμνα αποτελούσε η μαθητιώσα νεολαία της πόλης, γιατί αντιλαμβάνονταν πολύ σωστά, ότι η διάδοση των νέων ιδεών θα μπορούσε να ξεκινήσει μόνο μέσα από τα σχολεία. Ήδη από τα τέλη του προηγούμενου αιώνα η Θεσσαλονίκη είχε δημιουργήσει παράδοση γυμναστικής στα σχολεία της.
Παρόλο που η ίδρυση του Συλλόγου πραγματοποιήθηκε το Νοέμβριο του 1908, η ιστορία του ξεκινά μια δεκαετία σχεδόν νωρίτερα με την ίδρυση του Ομίλου Φιλομούσων. Το 1899 ο Όμιλος αυτός ιδρύθηκε ως σωματείο φιλολογικό και μουσικό, η μεγάλη απήχηση όμως της γυμναστικής και του αθλητισμού στην πόλη της Θεσσαλονίκης και ειδικά ανάμεσα στους μαθητές των ελληνικών σχολείων, οδήγησαν τα μέλη του συλλόγου στην ίδρυση αθλητικού τμήματος.
Έτσι το 1902 ο Όμιλος απέκτησε αθλητικό τμήμα και σε συνεννόηση με την Ελληνική Κοινότητα Θεσσαλονίκης παραχωρήθηκε στους αθλητές του ομίλου το γυμναστήριο της κοινότητας, ώστε να μπορούν να αθλούνται . Την ίδια περίπου εποχή μια ομάδα νέων είχε αρχίσει να επιδίδεται στον αθλητισμό σε ένα ιδιωτικό γυμναστήριο στην περιοχή του Συντριβανίου, πίσω από την οδό Εθνικής Αμύνης. Ανάμεσά τους ήταν μερικοί από τους αθλητές που αποτέλεσαν τον κύριο κορμό του σωματείου αλλά και οδήγησαν τον σύλλογο σε επιτυχίες και διακρίσεις.
Την περίοδο αυτή στη Θεσσαλονίκη έχουμε την επικράτηση του κινήματος των Νεότουρκων και οι πολιτικές συνθήκες ήταν ρευστές. Οι εθνότητες της Θεσσαλονίκης δεχόντουσαν πιέσεις για να αποβάλουν σταδιακά τα εθνικά τους χαρακτηριστικά και σύμβολα από τις δραστηριότητές τους.
Οι σύλλογοι της πόλης έπρεπε να επανιδρυθούν. Η λέξη Μακεδονικός στον τίτλο του συλλόγου ενοχλούσε τις αρχές, παρέπεμπε στου εθνικούς ανταγωνισμούς στα Βαλκάνια αλλά και στην ελληνικότητα της περιοχής. Τέσσερα μέλη του συλλόγου οι Α.Μάλτος, Δ.Κοντορέπας, Ι.Κύρου και Αιμ.Κόπανος ανέλαβαν την ευθύνη και σε συνεννόηση με τις τουρκικές αρχές άλλαξαν τον κανονισμό λειτουργίας του συλλόγου και μετέτρεψαν το όνομά του σε «Οθωμανικός Ελληνικός Γυμναστικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης ο Ηρακλής».
Δεν είναι γνωστός ποιος υπήρξε αυτός που έδωσε το νέο όνομα στο σύλλογο, η επιλογή της χρήσης του ονόματος του ημίθεου όμως αποδείχθηκε πολύ επιτυχημένη. Έτσι στις 13 Μαρτίου 1911 εξελέγη νέο ΔΣ στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε και παρουσιάστηκε το νέο καταστατικό του συλλόγου. Την ίδια εποχή ο Ηρακλής, για να αποκτήσει επίσημες σχέσεις με τις αθλητικές αρχές του ελληνικού κράτους ενεγράφη στη δύναμη του συνδέσμου ελληνικών σωματείων και γυμναστικών σωματείων, ΣΕΓΑΣ, στην Αθήνα και όρισε πρώτο αντιπρόσωπο του τον Κ.Ψαροδήμο.
Μετά από την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης αρχίζει για τον Ηρακλή μια δύσκολη περίοδος., γιατί μέχρι το 1923 παρεμβλήθηκε ο πρώτος παγκόσμιος πόλεμος και η μικρασιατική καταστροφή, με την Ελλάδα ουσιαστικά να βρίσκεται επί 10 χρόνια σε εμπόλεμη κατάσταση.
Το πρώτο πράγμα που αντιμετώπισαν οι άνθρωποι του Ηρακλή μετά την απελευθέρωση ήταν το ζήτημα της αλλαγής του ονόματος. Και ενώ η επικρατούσα άποψη ήταν ο σύλλογος να επανέλθει στο παλαιό του όνομα, τελικά στη Γενική Συνέλευση στις 24 και 26 Απριλίου 1913, υπερίσχυσε η άποψη να παραμείνει το όνομα του ημίθεου, το οποίο συμβόλιζε τη δύναμη και τη ρώμη, στοιχεία που έπρεπε να προβάλει ο σύλλογος. Ο νέος κανονισμός του Ηρακλή αποτελούνταν από 54 άρθρα και για τη σύνταξή του χρησιμοποιήθηκαν οι κανονισμοί των συλλόγων της παλαιάς Ελλάδας, που ζητήθηκαν από τον ΣΕΓΑΣ.
Ο Ηρακλής άλλαξε το καταστατικό του, αλλά η επίσημη αναγνώρισή του από τις ελληνικές αρχές άργησε να γίνει. Σύμφωνα με τον ελληνικό νόμο 281, περί Σωματείων, ο σύλλογος έπρεπε να προσκομίσει πρακτικό ιδρύσεως και πίνακα ονομάτων ιδρυτών.
Τα έγγραφα αυτά όμως δεν ήταν διαθέσιμα αφού ο Ηρακλής ιδρύθηκε επί τουρκοκρατίας και εκτός από το καταστατικό υπήρχε μόνο μια απλή άδεια, που εκδόθηκε από την τουρκική αστυνομία. Τελικά μετά από ανταλλαγές εγγράφων με τον πρόεδρο Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης, ο Ηρακλής αναγνωρίστηκε ως ελληνικός αθλητικός σύλλογος και εγκρίθηκε το καταστατικό του με την απόφαση 1106 του 1914 του πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης. Ο Ηρακλής καταχωρήθηκε στο βιβλίο αναγνωρισμένων σωματείων με αριθμό 1720 (παλαιός αριθμός 18) στις 11 Ιανουαρίου 1915, δηλαδή σχεδόν δυόμιση χρόνια από την απελευθέρωση της πόλης
Ο νέος σύλλογος ιδρύθηκε σε μια ταραγμένη εποχή για την Θεσσαλονίκη και την ευρύτερη περιοχή της Μακεδονίας. Η οθωμανική αυτοκρατορία ζούσε τα τελευταία χρόνια της παρουσίας της στην Ευρώπη. Οι εθνικοί ανταγωνισμοί στα Βαλκάνια βρίσκονταν σε έξαρση και μόλις είχε τελειώσει η ένοπλη φάση του Μακεδονικού Αγώνα. Ο ελληνισμός της περιοχής, που είχε αντισταθεί με επιτυχία στις πολεμικές προσπάθειες για επικράτηση άλλων εθνοτήτων στην περιοχή, ήταν αποφασισμένος να επιβληθεί και με ειρηνικά μέσα.
Η ίδρυση ενός ελληνικού αθλητικού σωματείου ήταν ενταγμένη σε αυτήν την προσπάθεια. Ο Μακεδονικός Γυμναστικός Σύλλογος δεν ήταν απλά ένα αθλητικό σωματείο, ήταν το αθλητικό σωματείο των Ελλήνων που δεν θα άφηναν κανέναν τομέα κοινωνικής δραστηριότητας που να μη δηλώσουν παρών. Στο καταστατικό του νέου συλλόγου αναφέρεται ότι ο σκοπός ίδρυσης του είναι « Η εις άπασας τας κοινωνικάς τάξεις διάδοσις της Γυμναστικής και η Παρασκευή αθλητών». Η νέα ιδεολογία του αθλητισμού, που είχε επανεμφανιστεί τον προηγούμενο αιώνα και είχε διαδοθεί ταχύτατα σε όλη την Ευρώπη, αφυπνίζοντας τα διδάγματα των αρχαίων Ελλήνων για την άθληση και τη σωματική υγεία, έβρισκε πρόσφορο έδαφος στους Έλληνες της Θεσσαλονίκης.
Ο σύλλογος σύμφωνα με το καταστατικό του θα επιδίωκε να ιδρύσει δικό του γυμναστήριο και να το εξοπλίσει με τα κατάλληλα όργανα. Η δράση του δεν θα περιοριζόταν μόνο στους αθλητές και στα μέλη του, αλλά θα μεριμνούσε και για την εκγύμναση των Ελλήνων της πόληες με πορείες, εκδρομές, διοργάνωση κολυμβητικών εκδηλώσεων, λεμβοδρομιών και εκδρομών για κυνήγι.
Οι άνθρωποι του νέου συλλόγου επιθυμούσαν να διαποτίσουν με την ιδεολογία της γυμναστικής και της υγιεινής ζωής τους ομοεθνείς τους. Στο καταστατικό επίσης προβλεπόταν η βοήθεια για ίδρυση αντίστοιχων ελληνικών συλλόγων σε ολόκληρη τη Μακεδονία και τελικά η διοργάνωση Παμμακεδονικών αγώνων για τη διάδοση του αθλητισμού.
Ιδιαίτερη μέριμνα αποτελούσε η μαθητιώσα νεολαία της πόλης, γιατί αντιλαμβάνονταν πολύ σωστά, ότι η διάδοση των νέων ιδεών θα μπορούσε να ξεκινήσει μόνο μέσα από τα σχολεία. Ήδη από τα τέλη του προηγούμενου αιώνα η Θεσσαλονίκη είχε δημιουργήσει παράδοση γυμναστικής στα σχολεία της.
Παρόλο που η ίδρυση του Συλλόγου πραγματοποιήθηκε το Νοέμβριο του 1908, η ιστορία του ξεκινά μια δεκαετία σχεδόν νωρίτερα με την ίδρυση του Ομίλου Φιλομούσων. Το 1899 ο Όμιλος αυτός ιδρύθηκε ως σωματείο φιλολογικό και μουσικό, η μεγάλη απήχηση όμως της γυμναστικής και του αθλητισμού στην πόλη της Θεσσαλονίκης και ειδικά ανάμεσα στους μαθητές των ελληνικών σχολείων, οδήγησαν τα μέλη του συλλόγου στην ίδρυση αθλητικού τμήματος.
Έτσι το 1902 ο Όμιλος απέκτησε αθλητικό τμήμα και σε συνεννόηση με την Ελληνική Κοινότητα Θεσσαλονίκης παραχωρήθηκε στους αθλητές του ομίλου το γυμναστήριο της κοινότητας, ώστε να μπορούν να αθλούνται . Την ίδια περίπου εποχή μια ομάδα νέων είχε αρχίσει να επιδίδεται στον αθλητισμό σε ένα ιδιωτικό γυμναστήριο στην περιοχή του Συντριβανίου, πίσω από την οδό Εθνικής Αμύνης. Ανάμεσά τους ήταν μερικοί από τους αθλητές που αποτέλεσαν τον κύριο κορμό του σωματείου αλλά και οδήγησαν τον σύλλογο σε επιτυχίες και διακρίσεις.
Την περίοδο αυτή στη Θεσσαλονίκη έχουμε την επικράτηση του κινήματος των Νεότουρκων και οι πολιτικές συνθήκες ήταν ρευστές. Οι εθνότητες της Θεσσαλονίκης δεχόντουσαν πιέσεις για να αποβάλουν σταδιακά τα εθνικά τους χαρακτηριστικά και σύμβολα από τις δραστηριότητές τους.
Οι σύλλογοι της πόλης έπρεπε να επανιδρυθούν. Η λέξη Μακεδονικός στον τίτλο του συλλόγου ενοχλούσε τις αρχές, παρέπεμπε στου εθνικούς ανταγωνισμούς στα Βαλκάνια αλλά και στην ελληνικότητα της περιοχής. Τέσσερα μέλη του συλλόγου οι Α.Μάλτος, Δ.Κοντορέπας, Ι.Κύρου και Αιμ.Κόπανος ανέλαβαν την ευθύνη και σε συνεννόηση με τις τουρκικές αρχές άλλαξαν τον κανονισμό λειτουργίας του συλλόγου και μετέτρεψαν το όνομά του σε «Οθωμανικός Ελληνικός Γυμναστικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης ο Ηρακλής».
Δεν είναι γνωστός ποιος υπήρξε αυτός που έδωσε το νέο όνομα στο σύλλογο, η επιλογή της χρήσης του ονόματος του ημίθεου όμως αποδείχθηκε πολύ επιτυχημένη. Έτσι στις 13 Μαρτίου 1911 εξελέγη νέο ΔΣ στη γενική συνέλευση που πραγματοποιήθηκε και παρουσιάστηκε το νέο καταστατικό του συλλόγου. Την ίδια εποχή ο Ηρακλής, για να αποκτήσει επίσημες σχέσεις με τις αθλητικές αρχές του ελληνικού κράτους ενεγράφη στη δύναμη του συνδέσμου ελληνικών σωματείων και γυμναστικών σωματείων, ΣΕΓΑΣ, στην Αθήνα και όρισε πρώτο αντιπρόσωπο του τον Κ.Ψαροδήμο.
Μετά από την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης αρχίζει για τον Ηρακλή μια δύσκολη περίοδος., γιατί μέχρι το 1923 παρεμβλήθηκε ο πρώτος παγκόσμιος πόλεμος και η μικρασιατική καταστροφή, με την Ελλάδα ουσιαστικά να βρίσκεται επί 10 χρόνια σε εμπόλεμη κατάσταση.
Το πρώτο πράγμα που αντιμετώπισαν οι άνθρωποι του Ηρακλή μετά την απελευθέρωση ήταν το ζήτημα της αλλαγής του ονόματος. Και ενώ η επικρατούσα άποψη ήταν ο σύλλογος να επανέλθει στο παλαιό του όνομα, τελικά στη Γενική Συνέλευση στις 24 και 26 Απριλίου 1913, υπερίσχυσε η άποψη να παραμείνει το όνομα του ημίθεου, το οποίο συμβόλιζε τη δύναμη και τη ρώμη, στοιχεία που έπρεπε να προβάλει ο σύλλογος. Ο νέος κανονισμός του Ηρακλή αποτελούνταν από 54 άρθρα και για τη σύνταξή του χρησιμοποιήθηκαν οι κανονισμοί των συλλόγων της παλαιάς Ελλάδας, που ζητήθηκαν από τον ΣΕΓΑΣ.
Ο Ηρακλής άλλαξε το καταστατικό του, αλλά η επίσημη αναγνώρισή του από τις ελληνικές αρχές άργησε να γίνει. Σύμφωνα με τον ελληνικό νόμο 281, περί Σωματείων, ο σύλλογος έπρεπε να προσκομίσει πρακτικό ιδρύσεως και πίνακα ονομάτων ιδρυτών.
Τα έγγραφα αυτά όμως δεν ήταν διαθέσιμα αφού ο Ηρακλής ιδρύθηκε επί τουρκοκρατίας και εκτός από το καταστατικό υπήρχε μόνο μια απλή άδεια, που εκδόθηκε από την τουρκική αστυνομία. Τελικά μετά από ανταλλαγές εγγράφων με τον πρόεδρο Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης, ο Ηρακλής αναγνωρίστηκε ως ελληνικός αθλητικός σύλλογος και εγκρίθηκε το καταστατικό του με την απόφαση 1106 του 1914 του πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης. Ο Ηρακλής καταχωρήθηκε στο βιβλίο αναγνωρισμένων σωματείων με αριθμό 1720 (παλαιός αριθμός 18) στις 11 Ιανουαρίου 1915, δηλαδή σχεδόν δυόμιση χρόνια από την απελευθέρωση της πόλης
