Η ΑΕΚ ανέβηκε πρώτη φορά στην τότε Α1 ανδρών το 1994 οπότε και τη σεζόν 1994-95 πήρε την 11η θέση και υποβιβάστηκε αμέσως.

Το 1996 επέστρεψε και ετσι τη σεζόν 1996-97 αλλά και τη σεζόν 1997-98 πήρε δύο φορές την 5η θέση. Ακολούθησαν δύο ακόμα σεζόν 1998-99 και 1999-00 που πήρε και τις δύο φορές την 6η θέση. Την σεζόν 2000-01 ήταν στην 8η θέση και τη σεζόν 2001-02 στην 11η οπότε και υποβιβάστηκε για δεύτερη φορά.

 Μετά από μία χρονιά στην Α2 την σεζόν 2003-04 επέστρεψε για τρίτη φορά αλλά δε μπόρεσε να σταθεί. Πήρε την 12η θέση και υποβιβάστηκε τρίτη φορά.

Μετά από δύο σεζόν στην Α2 επέστρεψε για τέταρτη φορά. Τη σεζόν 2006-07 πήρε την 7η θέση και την περίοδο 2007-08 την 11η θέση και υποβιβάζεται για 4η φορά.

Επιστρέφει για 5η φορά το 2010 και τη σεζόν 2010-11 καταλαμβάνει την 11η θέση και υποβιβάζεται για 5η φορά.

 Μετά από δύο χρόνια στην Α2 και ένα στη Β΄Εθνική επιστρέφει πάλι το 2013 για 6η φορά. Τη σεζόν 2013-14 πλασάρεται στην 7η θέση και κατακτά το Λιγκ Καπ Νίκος Σαμαράς που είναι και ο μοναδικός τίτλος στο βόλεϊ ανδρών. Τη σεζόν 2014-15 καταλαμβάνει την 12η θέση και υποβιβάζεται για 6η φορά.